اختلافات در هر سطح، نباید منجر به تضعیف جایگاه های حاکمیتی گردد.

بعدها مشخص شد که امام خمینی کبیر (ره)، دل خوشی از بعضی مسوولین عالیرتبه در نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران نداشت و در حقیقت با اعمال نادرست سیاسی آنها موافق نبوده، مثلا، ابوالحسن بنی صدر اولین رئیس جمهور ایران، بعد از عزلش مشخص گردید که امام خمینی کبیر (ره) از دست ایشان ناراضی و درد دل ها داشتند ولی تا زمانی که وی در جایگاه ریاست جمهوری بودند امام خمینی کبیر (ره) او را احترام می گذاشت و در اختلافات بین ایشان و مخالفینش ورود نمی کرد و همچنین مجال تخریب رئیس جمهور وقت را، به دیگران نمی داد، بلکه برعکس، بنی صدر را به وحدت کلمه ترغیب و گاها، برای حفظ ایشان در بدنه ی حکومت از بعضی کارهای خوبش، تعریف می کرد تا وی تبدیل به اپوزیسیون نشود،  ولی بنی صدر که غرق در غرور و نخوت بود متاسفانه نسبت به کرامت و بزرگواری بنیانگذار انقلاب اسلامی، از خود واکنش مثبتی نشان نمی داد و همین مساله موجب شد تا در کمال بهت و تعجب همگان، از جرگه ی انقلاب اسلامی منفک شود.

الحمدالله، مقام معظم رهبری به پیروی از سیره ی امام خمینی کبیر (ره) و با تدبیر خاص خود بسیار مشفقانه در این مسایل عمل می نماید و به ابهت نظام مقدس جمهوری اسلامی و جایگاه های تعریف شده ی حاکمیتی آن اهمیت می دهد و هرگز در کارهای متولین امر دخالت نمی کند و همیشه، به دلیل نقش فصل الخطاب خود در امورات حکومتی، همه ی مسوولین را با تمام کاستی ها و اشتباهات شان نصحیت و گاها، تحمل می کند و هرگز اختلافات موجود در بطن حاکمیت  را در سطح جامعه  نمی کشاند و همواره اختلافات را از طریق تدبیر و خویشتنداری حل می نماید‌.

بنابراین، همه ی مقامات کشوری و لشکری فارغ از هر دغدغه ای، نه بعنوان یک شخص، بلکه بمنزله ی یک شخصیت و یا مقام حکومتی باید توجه نمایند، اولا، خود در چه جایگاهی هستند و در گام بعدی دقت نمایند تا دیگر شخصیت ها و مقامات حکومتی را صرف نظر از جناح سیاسی شان برآورد نموده و درخور شأن، مقام و مرتبت آنها حرمت نهند و نباید کاری کنند تا جایگاه های حاکمیتی آن مقامات تضعیف گردد.

والسلام